Comme je n'ai dit, TeXStudio n'a rien à voir dans le débat. Il faudrait savoir quelle commande il envoie et à quel moteur. En principe ça figure dans les première lignes du log, du moins sous TeXLive, du genre
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Running `LaTeX' on `TeX-tmpsWl6zm' with ``pdflatex -file-line-error -interaction=nonstopmode TeX-tmpsWl6zm.tex''
This is pdfTeX, Version 3.141592653-2.6-1.40.24 (TeX Live 2022/Debian) (preloaded format=pdflatex)
restricted \write18 enabled.
Ce qui signifie que le compilateur pdflatex est appelé avec les arguments ``pdflatex -file-line-error -interaction=nonstopmode '' sur le fichier sur TeX-tmpsWl6zm.tex.
La ligne de commande est de ma responsabilité donc ça peut varier d'une installation à l'autre.
Visiblement le moteur que tu emploies se débrouille bien avec l'insertion de fichiers dont l'URI donnée n'est pas dans TEXINPUTS, ce qui visiblement n'est pas le cas si la compilation est lancée par latexmk.
Je trouve que c'est une très mauvaise idée de désigner un fichier par son chemin complet, il vaut mieux procéder comme je t'ai dit : placer le fichier à inclure dans un répertoire de TEXINPUTS. À défaut, créer un lien symbolique vers ce fichier dans un des répertoire de TEXINPUTS.
Le répertoire le plus directement accessible appartenant à TEXINPUTS est le répertoire contenant le fichier source lui-même, représenté par un point '
.'
Certains latexiens créent un répertoire pour chaque fichier tex et placent dans ce répertoire le fichier source et tous les fichiers à inclure. Ça facilite le travail collaboratif et l'archivage puisque il suffit de créer une archive du répertoire pour le conserver ou le partager.
Je n'utilise pas latexmk, donc je ne saurais pas modifier son comportement pour qu'il se comporte comme tu le désires. Peut-être que d'autres intervenants savent le faire, mais je n'en vois pas l'intérêt.
Sans doute que latexmk doit pouvoir se paramétrer pour que la ligne de commande qu'il utilise soit la même que celle de TeXStudio. Tout comme TeXStudio, latexmk n'effectue lui-même aucune compilation.
JJR.
LaTeXien migrateur.